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  土壤里分布有各類微生物，至于存在的種類就更多了。土壤里微生物的數量也是很大的。種類如此繁多，數量這樣龐大的微生物的生命活動，對土壤和植物發生深刻影響， 在不久的未來，有益微生物菌對農業生產將會發生更大的作用。

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 土壤里含有植物需要的各種養分，但是絕大部分卻處于難溶的無機狀態，不易被植物吸收利用，而微生物菌肥中含有豐富的微生物菌，其具有分解、轉化這些無效養分的能力，增多土壤有效養分，供植物吸收利用。

 在農業生產實踐中，施用到土壤中的速效化肥，植物雖可直接吸收利用，但事實上，在土壤微生物生命活動影響下，被植物直接利用的部分不多，結果造成肥料利用率不高。如果能根據微生物菌的有益作用，改進施肥技術，則可以減少肥料損失，提高其利用率，降低農業生產成本。

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  植物通過根系受周圍土壤的影響，在根際土壤里和根系附近棲息著數量大和種類特異的微生物群，它們以直接或間接方式影響植物對養分的吸收利用和正常的生長發育，如微生物菌肥中的有益微生物菌產生的某些物質對植物生長發育有刺激作用，促進作物增根壯苗，也可以對有害病原菌產生抑制作用，甚至殺死病原菌。減少作物病害的可能。

  微生物菌肥，施用到土壤里，可發揮其優點，使農作物增產豐收、延長作物采收期，提高農民經濟效益。